מושב טפחות הוקם בשנת 1980. בשנת ה'תשס"א (2001) נוסדה הישיבה על ידי הרב אביגדור ויצמן והרב אייל גריינר העומד בראשותה מיום הקמתה ועד היום, מתוך מגמה לחזק את הנוכחות היהודית בגליל.
בשנת 2008 הוקמה בישיבה שכונת קרוואנים לזוגות צעירים ע"ש רס"ן רועי קליין. השכונה משמשת את צוות הישיבה ואברכיה. בשנת 2012 הונחה אבן הפנה להקמת בית המדרש בהשתתפות ידידי הישיבה, וביניהם הרב יונתן זקס, וקורט רוטשילד. בשנת 2015 נחנך מבנה בית המדרש וכיתות הלימוד של הישיבה. אולם בית המדרש נושא את שמו של הרב זקס ז"ל. בשנת 2018 נחנכו 2 מבני מעונות חדשים.
מאז הקמת הישיבה גדל המושב משלושים משפחות למאה כיום, כאשר רבות מהמשפחות שהצטרפו בשנים האחרונות הם בוגרי הישיבה ומשפחות שהגיעו בעקבות הישיבה. כיום נמצא הישוב בשלבים של הרחבה קהילתית של 115 מגרשים נוספים, ההרחבה הגדולה ביותר במגזר הכפרי בגליל.
בישיבה לומדים כ-150 תלמידים המשלבים לימודי תורה ביחד עם שירות צבאי ופעילות קהילתית ברחבי מרום הגליל. כעת מתחילים בישיבה בבניית חדר אוכל ומטבח חדשים שיוכלו לתת מענה לכמות התלמידים הגדלה.
לאור הצמיחה במספר התלמידים והאברכים, לצד המחסור בדירות בטפחות, החלה הישיבה לשלוח אברכים לטבריה, שם הם פעילים בבתי כנסת והעברת שיעורים לתושבים. לשנת הלימודים תשפ"ד, נרשמו מספר שיא של 50 תלמידים לשיעור א. בתחום ההתיישבות, הישיבה לוקחת חלק משמעותי בהקמת היישוב רמת ארבל.
הישיבה מתאפיינת באווירה לימודית המבקשת לשלב בין הלכה לאגדה בין נגלה לנסתר ובין עיון לבקיאות. דגש רב מושם בישיבה על השקידה והעמל יחד עם הקשבה פנימית למכלול כוחות חייו של התלמיד, לשם כך מושם בישיבה דגש רב על הקשר האישי בין הרמי"ם וראש הישיבה לבין התלמידים, יחד עם מגוון שיעורים שעוסקים בפיתוח ושכלול כוחות הנפש של כל לומד ולומד.