Iscritto al campionato estone di calcio a 5 fin dalla sua istituzione, nella stagione 2006-07 il Betoon vince il proprio girone qualificandosi ai play-off scudetto, chiusi al terzo posto. La stagione successiva la squadra si è aggiudicata il primo campionato nazionale disputato con la formula del girone unico. In qualità di campione in carica dell'Estonia, il Betoon ha partecipato al turno preliminare della Coppa UEFA 2008-09, venendo inserito nel gruppo F. La squadra ha perso entrambe le partite disputate contro Blok/Carillon Boys (0-14) e UFC Münster (1-3), fallendo l'approdo al turno principale della competizione.