Fuentes debuteerde op 10 oktober 2009 voor Córdoba CF als basisspeler in een competitiewedstrijd tegen Real Murcia. In totaal speelde hij 113 wedstrijden in de Segunda División voor de club uit zijn geboortestad. Tijdens de zomertransferperiode van 2013 werd hij getransfereerd naar RCD Espanyol, waar hij net als bij Córdoba CF basisspeler is.