Het parcours had een vlakke aanloop met de tussensprint na 40,6 kilometer in Legutio. In het vervolg van de etappe lagen vijf heuvels van achtereenvolgens, derde, vierde, derde en vierde categorie en de laatste beklimming was van tweede categorie. De laatste heuvel is bekend van de Clásica San Sebastián, de Jaizkibel met een klim van 8,1 kilometer lang, daarna volgde de afdaling naar de finish in San Sebastian.
Victor Lafay heeft verrassend de tweede etappe van de Tour de France gewonnen.
De Amerikaanse drager van de bolletjestruiNeilson Powless (EF) was er na tien kilometer koers vandoor gegaan om zijn bergtrui te verdedigen. Hij kreeg hulp van de Noorse buffel Edvald Boasson Hagen (TotelEnergies) en Franse diesel Rémi Cavagna (QuickStep), wist 6 punten te halen en behield daarme de trui voor het bergklassement.
Op 35 kilometer van de finish kwam er snelheid in het uitgedunde peloton onder aanvoering van Team Jumbo-Visma oen ging met een noodgang de Jaizkibel over.
De Fransman Victor Lafay van Cofidis plaatste een beslissende aanval bij het ingaan van de laatste kilometer, wetende dat hij in de sprint niet mee had gekund met enkele grote namen in de overgebleven kopgroep. Wout van Aert en Tadej Pogačar kwamen net te laat. Dat was vooral voor Van Aert een grote teleurstelling, nadat Jumbo-Visma zaterdag in de eerste etappe van de Tour ook al geen succes had behaald. Lafay kreeg door de etappewinst de groene trui en Adam Yates behield de gele trui.
Richard Carapaz (EF Education-EasyPost): Niet gestart in de tweede etappe na de valpartij in de eerste etappe, hij reed die etappe uit met een breuk in zijn linkerknieschijf.