Rozgrywki toczyły się w dwóch grupach: A i B, a każda grupa grała w dwóch rundach: jesiennej oraz wiosennej i występowało w nich łącznie 20 drużyn. Po zakończeniu rundy jesiennej cztery ostatnie drużyny grupy A spadły do grupy B Drugiej ligi, natomiast cztery najlepsze drużyny grupy B awansowały do grupy A Drugiej ligi. Po zakończeniu rundy wiosennej w związku z powiększeniem ilości drużyn grających w Prvej lidze SR Јugoslavije do 24. zespołów pięć najlepszych drużyn grupy A Drugiej ligi oraz mistrz grupy B Drugiej ligi (jako najlepsza drużyna grupy spadkowej) awansowało bezpośrednio do grupy B Prvej ligi. Dwie ostatnie drużyny grupy B spadły do Srpskiej ligi lub Crnogorskiej ligi.
W barażu o pozostanie w / awans do grupy B Prvej ligi SR Јugoslavije występowało 2 drużyny, które grały o jedno miejsce w grupie B Prvej ligi w sezonie 1996/97: