Pierwszy odcinek kolei wąskotorowej na Żuławach liczył 4,5 km i powstał prawdopodobnie około 1886 roku. Połączył cukrownię w Nowym Stawie z miejscowością Dębina Południe i obsługiwany był trakcją konną. W roku 1891 cukrownia w Nowym Stawie otrzymała koncesję na budowę kolejki wąskotorowej prowadzonej przez trakcję mechaniczną o rozstawie szyn 750 mm.
Na lewym brzegu Wisły pierwszą wąskotorową kolej, również do przewozu buraków cukrowych, wybudowała cukrownia w Cedrach Wielkich. Pierwszy odcinek, o nietypowym rozstawie szyn 780 mm, został oddany do użytku w 1888 roku. Długość sieci tej kolei osiągnęła 28 km i połączyła cukrownię w Cedrach Wielkich ze stacją kolejową w Pszczółkach.
Przez następne lata rozwijała się sieć kolejek cukrowniczych.
W 1898 roku powstała spółka Nowostawsko-Lisewkiej Małej Kolei (Neutech-Liessauer Kleinbahn), rok później powstała Spółka Akcyjna Zachodniopruskich Małych Kolei (Westpreussische Kleinbahnen Akiten-Gesselschaft).
W czasach Wolnego Miasta Gdańska cała sieć kolei wąskotorowej, mimo rozdzielenia granicami, pozostała pod zarządem WKAG (Westpreuβische Kleinbahnen Aktien-Gesellschaft – Zachodniopruska Spółka Akcyjna Kolei Lokalnych)[2] i nie została przejęta przez PKP. Osobliwością tej kolejki były tzw. pociągi teatralne oraz pociąg kąpielowy z Gdańska do Stegny i Sztutowa. W latach 1923–1925 kursował pociąg przyspieszony w relacji Malbork – Nowy Dwór Gdański – Stegna – Świbno – Koszwały – Gdańsk i z powrotem. Zniszczoną przez działania wojenne kolejkę uruchomiono w lipcu 1948 i wznowiono przeprawę promową.
Po zalaniu Żuław 2/3 kolei znalazło się pod wodą, w tym warsztaty w Lisewie i Nowym Dworze Gd.
Odbudową kolei zajmował się Zarząd Gdańskich Kolei Wąskotorowych utworzony w Nowym Stawie przez DOKP w Gdańsku. Sukcesywnie oddawano kolejne odcinki do ruchu. Przejściowo przebudowano odcinek Nowy Staw – Nowy Dwór Gdański z 1435 mm na 750 mm. W 1948 długość czynnych torów na Gdańskich Kolejach Wąskotorowych wynosiła 197 km, a trzy lata później już 295 kilometrów.
W latach 40. i 50. na kolei dojazdowej panował bardzo intensywny ruch pociągów, a prom parowy na Wiśle pracował przez całą dobę na „pełnych obrotach”. Jednak brak należytej konserwacji i różne meandry biurokracji doprowadziły do tego, że ponad 50-letni prom trzeba było w 1955/1956 wycofać z eksploatacji. Od tego czasu nie istniała już przeprawa taboru przez Przekop Wisły a pasażerowie korzystali z promu drogowego „Wisła” oddalonego 300 m od stacyjek Prawy Brzeg Wisły i Lewy Brzeg Wisły.
W końcu lat sześćdziesiątych rozpoczął się okres likwidacji sieci kolei wąskotorowej na Żuławach. W latach 1967–68 likwidacji uległ odcinek Malbork – Jasna (Świetliki), a w roku 1969 rozebrano linię Jeziernik – Żuławki.
Wiosną 1965 obsługę większości pociągów pasażerskich przejęły wagony motorowe zbudowane w warsztatach w Lisewie i kolejka zaczęła być częściej używana. Ówczesna polityka transportowa spowodowała zawieszenie w 1971 kursowania pociągów na odcinkach Koszwały – Lewy Brzeg Wisły i Prawy Brzeg Wisły – Stegna, a w 1974 zlikwidowano całą lewobrzeżną część sieci. Likwidacji uległa również infrastruktura (stacja, warsztaty i parowozownia Gdańsk Wąskotorowy) a tabor przekazano na prawobrzeżną część kolei.
Na prawym brzegu z myślą o turystach, na odcinku Prawy Brzeg Wisły – Sztutowo uruchomiono w czerwcu 1978 roku specjalny pociąg o szumnej nazwie „Jantar Express”. Mimo to, począwszy od końca lat 80. XX w., rozpoczął się proces stopniowego zawieszania przez PKP ruchu pasażerskiego na kolejnych liniach Gdańskich Kolei Dojazdowych: 1 września 1988 na linii Lisewo – Pogorzała Wieś – Kałdowo, 1 października 1992 na linii Kałdowo – Lipinka – Nowy Dwór Gdański, na jesieni 1995 na odcinku Lisewo – Nowy Dwór Gdański.
Pod koniec lat 90. pozostałości kolejki wąskotorowej na lewej stronie Wisły zostały rozkradzione lub rozebrane, a tabor przeznaczono na złom. Ostatnie ślady gdańskiej wąskotorówki można jeszcze zobaczyć na mostach w Przegalinie, koło Cedr Małych i nad Opływem Motławy w Gdańsku.
8 września 1996 roku zawieszono ruch pasażerskich na pozostałych czynnych liniach GKD, tj. Prawy Brzeg Wisły - Sztutowo i Stegna - Nowy Dwór Gdański. Pociągi towarowe kursowały jeszcze podczas kampanii cukrowniczej 1996/97 dla Cukrowni Nowy Staw. 30.11.1996 r. odbył się pożegnalny przejazd wagonem motorowym MBxd2. Niedługo potem rozpoczął się proces likwidacji fizycznej i administracyjnej GKD.