Idi na sadržaj

STX6

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
STX6
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

2NPS, 4J2C

Identifikatori
AliasiSTX6
Vanjski ID-jeviOMIM: 603944 MGI: 1926235 HomoloGene: 115622 GeneCards: STX6
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za STX6
Genomska lokacija za STX6
Bend1q25.3Početak180,972,712 bp[1]
Kraj181,023,121 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 1 (miš)
Hrom.Hromosom 1 (miš)[2]
Hromosom 1 (miš)
Genomska lokacija za STX6
Genomska lokacija za STX6
Bend1|1 G3Početak155,034,461 bp[2]
Kraj155,084,002 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
syntaxin binding
SNAP receptor activity
SNARE binding
Ćelijska komponenta membrana
ćelijska membrana
SNARE complex
early endosome
phagocytic vesicle
perinuklearno područje citoplazme
clathrin-coated vesicle
trans-Golđijeva mreža
integral component of membrane
Golđijeva membrana
trans-Golgi network membrane
Golđijev aparat
nukleoplazma
citosol
Sinapsna vezikula
integral component of synaptic vesicle membrane
Endomembranski sistem
Biološki proces endosome organization
regulation of protein localization
vesicle docking
retrograde transport, endosome to Golgi
Golgi vesicle transport
protein transport
Fuzija vezikula
Golgi ribbon formation
vesicle-mediated transport
intracellular protein transport
endocytic recycling
synaptic vesicle to endosome fusion
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001286210
NM_005819

NM_021433

RefSeq (bjelančevina)

NP_001273139
NP_005810

NP_067408

Lokacija (UCSC)Chr 1: 180.97 – 181.02 MbChr 1: 155.03 – 155.08 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Sintaksin-6 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom STX6 sa hromosoma 1.[5][6]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 255 aminokiselina, a molekulska težina 29.176 Da.

1020304050
MSMEDPFFVVKGEVQKAVNTAQGLFQRWTELLQDPSTATREEIDWTTNEL
RNNLRSIEWDLEDLDETISIVEANPRKFNLDATELSIRKAFITSTRQVVR
DMKDQMSTSSVQALAERKNRQALLGDSGSQNWSTGTTDKYGRLDRELQRA
NSHFIEEQQAQQQLIVEQQDEQLELVSGSIGVLKNMSQRIGGELEEQAVM
LEDFSHELESTQSRLDNVMKKLAKVSHMTSDRRQWCAIAILFAVLLVVLI
LFLVL

Struktura

[uredi | uredi izvor]

Članovi ove grupe proteina, koji se nalaze u N-terminalu različitih SNARE proteina, imaju strukturu koja se sastoji od antiparalelnog snopa sa tri spirale. Njihova tačna funkcija nije utvrđena, iako je poznato da oni regulišu SNARE motiv, kao i da posreduju u različitim interakcijama protein-protein uključenim u membranski transport.[7]

Funkcija

[uredi | uredi izvor]

SNARE igraju vitalnu ulogu u prometu ćelijskoh tereta. Vezikule se spajaju sa ćelijskom membranom, uz pomoć SNARE proteina. SNARE motivi formiraju četveroheliksni snop koji doprinosi fuziji dvije membrane. Tačnije, N-terminalni domen vezuje se na SNARE motiv, a ova unutarmolekulska interakcija smanjuje stopu povezivanja sa partnerom SNARE. Međutim, funkcija domena N terminala još uvijek nije u potpunosti razjašnjena.[7]

N-terminalni proteinski domen

[uredi | uredi izvor]

Proteinski domen sintaksin-6 N-terminalni proteinski domen je rastvorljivi receptor proteina vezivanja faktora osetljivog na N-etilmaleimid (SNARE) koji se nalazi u endosomnom transportu vezikula. Dio je porodice ciljnih SNARE (t-SNARE). To je vitalna pomoć za unos i eksport ćelijskog tereta u procesu zvanom ćelijski promet. Njegov SNARE motiv pokazuje značajnu homologiju za sintaksinom 1A i S25C, što ukazuje na sličnost putem evolucijsko konzerviranje. N-terminalna struktura domena sintaksina-6 pokazuje snažnu strukturnu sličnost sa N-terminalnim domenima sintaksina 1A, Sso1p i Vam3p; uprkos veoma niskom nivou sličnosti sekvenci. SNARE u suštini funkcioniše kao privez za držanje vezikule. Citoplazmatski regioni SNARE koji se nalaze na transportnim vezikulama i ciljnim membranama djeluju međusobno, a zatim se formira zavojnica sa četiri heliksa. Ovo povezuje ćelijsku membranu i vezikule zajedno na takav način da prevazilazi energetsku barijeru za spajanje dva lipidna dvosloja. Ovo je način na koji se razmenjuje ćelijski teret. Ovaj konkretan unos fokusira se na N-terminalni domen sintaksina 6.[8]

Interakcije

[uredi | uredi izvor]

Pokazalo se da STX6 ima interakcije sa SNAP23,[9] VAMP3[10] i VAMP4.[10]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000135823 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000026470 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Martín-Martín B, Nabokina SM, Lazo PA, Mollinedo F (March 1999). "Co-expression of several human syntaxin genes in neutrophils and differentiating HL-60 cells: variant isoforms and detection of syntaxin 1" (PDF). Journal of Leukocyte Biology. 65 (3): 397–406. doi:10.1002/jlb.65.3.397. hdl:10261/59829. PMID 10080545. S2CID 18988377.
  6. ^ "Entrez Gene: STX6 syntaxin 6".
  7. ^ a b Misura KM, Bock JB, Gonzalez LC, Scheller RH, Weis WI (July 2002). "Three-dimensional structure of the amino-terminal domain of syntaxin 6, a SNAP-25 C homolog". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 99 (14): 9184–9. doi:10.1073/pnas.132274599. PMC 123115. PMID 12082176.
  8. ^ Jung JJ, Inamdar SM, Tiwari A, Choudhury A (August 2012). "Regulation of intracellular membrane trafficking and cell dynamics by syntaxin-6". Bioscience Reports. 32 (4): 383–91. doi:10.1042/BSR20120006. PMC 3392101. PMID 22489884.
  9. ^ Martín-Martín B, Nabokina SM, Blasi J, Lazo PA, Mollinedo F (October 2000). "Involvement of SNAP-23 and syntaxin 6 in human neutrophil exocytosis". Blood. 96 (7): 2574–83. doi:10.1182/blood.V96.7.2574. PMID 11001914.
  10. ^ a b Mallard F, Tang BL, Galli T, Tenza D, Saint-Pol A, Yue X, et al. (February 2002). "Early/recycling endosomes-to-TGN transport involves two SNARE complexes and a Rab6 isoform". The Journal of Cell Biology. 156 (4): 653–64. doi:10.1083/jcb.200110081. PMC 2174079. PMID 11839770.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]

STX6 detalji ljudskog genoma u UCSC Genome Browser.