Recombinase Polymerase Amplification
Die Recombinase Polymerase Amplification (RPA) ist eine Methode zur Vervielfältigung von DNA. Sie ist eine Variante der isothermalen DNA-Amplifikation.[1]
Eigenschaften
Die Recombinase Polymerase Amplification verwendet eine Rekombinase, ein Einzelstrang-bindendes Protein und eine strangversetzende DNA-Polymerase.[2] Die Rekombinase verstärkt die Bindung eines Primers mit einer Länge von 30 bis 38 Nukleotiden. Durch die Verwendung einer strangversetztenden DNA-Polymerase kann die Reaktion bei einer konstanten Temperatur von 37 bis 42 °C erfolgen, bei Raumtemperatur verläuft die Reaktion etwas langsamer.[3] Die Reaktion läuft auch ohne Geräte durch Aufbewahrung des Reaktionsgefäßes in der Achsel.[4] Analog zur RT-PCR kann durch Zusatz einer reversen Transkriptase eine reverse Transkription durchgeführt werden.[5][6] Analog zur qPCR kann die entstehende DNA quantifiziert werden.[7] Analog zur Multiplex-PCR können mehrere DNA-Sequenzen parallel amplifiziert werden.[8]
Alternative Methoden zur Amplifikation von DNA sind z. B. die Polymerasekettenreaktion, die Multidisplacement Amplification, die Isothermal Assembly, die Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP), nucleic acid sequence-based amplification (NASBA), die Helicase-dependent amplification (HDA), die Nicking Enzyme Amplification Reaction (NEAR), die Rolling Circle Amplification (RCA).[9] Weitere Nachweisverfahren sind z. B. die nicking endonuclease signal amplification (NESA) und nicking endonuclease assisted nanoparticle activation (NENNA), exonuclease-aided target recycling, Junction or Y-probes, split DNAZyme und deoxyribozyme amplification, nicht-kovalente DNA-Katalysen und die hybridization chain reaction (HCR).[10]
Einzelnachweise
- ↑ O. Piepenburg, C. H. Williams, D. L. Stemple, N. A. Armes: DNA detection using recombination proteins. In: PLoS biology. Band 4, Nummer 7, Juli 2006, S. e204, ISSN 1545-7885. doi:10.1371/journal.pbio.0040204. PMID 16756388. PMC 1475771 (freier Volltext).
- ↑ J. Kim, C. J. Easley: Isothermal DNA amplification in bioanalysis: strategies and applications. In: Bioanalysis. Band 3, Nummer 2, Januar 2011, S. 227–239, ISSN 1757-6199. doi:10.4155/bio.10.172. PMID 21250850.
- ↑ L. Lillis, D. Lehman, M. C. Singhal, J. Cantera, J. Singleton, P. Labarre, A. Toyama, O. Piepenburg, M. Parker, R. Wood, J. Overbaugh, D. S. Boyle: Non-instrumented incubation of a recombinase polymerase amplification assay for the rapid and sensitive detection of proviral HIV-1 DNA. In: PloS one. Band 9, Nummer 9, 2014, S. e108189, ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0108189. PMID 25264766. PMC 4180440 (freier Volltext).
- ↑ Z. A. Crannell, B. Rohrman, R. Richards-Kortum: Equipment-free incubation of recombinase polymerase amplification reactions using body heat. In: PloS one. Band 9, Nummer 11, 2014, S. e112146, ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0112146. PMID 25372030. PMC 4221156 (freier Volltext).
- ↑ H. M. Amer, A. Abd El Wahed, M. A. Shalaby, F. N. Almajhdi, F. T. Hufert, M. Weidmann: A new approach for diagnosis of bovine coronavirus using a reverse transcription recombinase polymerase amplification assay. In: Journal of virological methods. Band 193, Nummer 2, November 2013, S. 337–340, ISSN 1879-0984. doi:10.1016/j.jviromet.2013.06.027. PMID 23811231.
- ↑ A. Abd El Wahed, P. Patel, D. Heidenreich, F. T. Hufert, M. Weidmann: Reverse transcription recombinase polymerase amplification assay for the detection of middle East respiratory syndrome coronavirus. In: PLoS currents. Band 5, 2013, S. , ISSN 2157-3999. doi:10.1371/currents.outbreaks.62df1c7c75ffc96cd59034531e2e8364. PMID 24459611. PMC 3871419 (freier Volltext).
- ↑ X. Xia, Y. Yu, M. Weidmann, Y. Pan, S. Yan, Y. Wang: Rapid detection of shrimp white spot syndrome virus by real time, isothermal recombinase polymerase amplification assay. In: PloS one. Band 9, Nummer 8, 2014, S. e104667, ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0104667. PMID 25121957. PMC 4133268 (freier Volltext).
- ↑ S. Kersting, V. Rausch, F. F. Bier, M. von Nickisch-Rosenegk: Multiplex isothermal solid-phase recombinase polymerase amplification for the specific and fast DNA-based detection of three bacterial pathogens. In: Mikrochimica acta. Band 181, Nummer 13–14, 2014, S. 1715–1723, ISSN 0026-3672. doi:10.1007/s00604-014-1198-5. PMID 25253912. PMC 4167443 (freier Volltext).
- ↑ E. C. Oriero, J. Jacobs, J. P. Van Geertruyden, D. Nwakanma, U. D'Alessandro: Molecular-based isothermal tests for field diagnosis of malaria and their potential contribution to malaria elimination. In: The Journal of antimicrobial chemotherapy. [elektronische Veröffentlichung vor dem Druck] September 2014, ISSN 1460-2091. doi:10.1093/jac/dku343. PMID 25223973.
- ↑ L. Yan, J. Zhou, Y. Zheng, A. S. Gamson, B. T. Roembke, S. Nakayama, H. O. Sintim: Isothermal amplified detection of DNA and RNA. In: Molecular bioSystems. Band 10, Nummer 5, Mai 2014, S. 970–1003, ISSN 1742-2051. doi:10.1039/c3mb70304e. PMID 24643211.