Завершивши ігрову кар'єру у колумбійському «Атлетіко Насьйональ», залишився у його клубній структурі, ставши 1977 року головним тренером його команди. Наступного року тренував іншу колумбійську команду, «Атлетіко Хуніор», після чого повернувся на батьківщину, де працював з «Архентінос Хуніорс» та «Індепендьєнте».
Згодом у 1980-х та 1990-х роках активно тренував, змінивши понад десять аргентинських, колумбійських, а також мексиканських клубних команд.
2000 року працював у Саудівській Аравії, тренуючи «Аль-Аглі», у 2003 році тренував іспанський «Бадахос», проте протягом решти 2000-х і першої половини 2010-х років продовжував працювати у Латинській Америці.
Останнім місцем тренерської роботи був клуб «Атлетіко Хуніор», головним тренером команди якого Мігель Анхель Лопес усьоме у своїй кар'єрі був з 2013 по 2014 рік.