Prarthana Thombare ha vinto 3 titoli in singolare e 26 titoli in doppio nel circuito ITF in carriera. In singolare ha raggiunto la 335ª posizione mondiale il 25 agosto 2014, mentre in doppio la 1257ª posizione mondiale il 17 ottobre 2017.
Principalmente una specialista di doppio, è stata la prima tennista indiana di tale categoria per un certo periodo e rappresentante del proprio paese alle Olimpiadi, a Rio nel 2016. Sempre in coppia con Mirza, sono state sconfitte all'esordio dalle cinesi Peng Shuai e Zhang Shuai.