Molekylgeometri: Forskjell mellom sideversjoner
m robot: automatisk teksterstatning: (-\[\[([Bb]ilde|[Ii]mage)\: +[[Fil:) |
mIngen redigeringsforklaring Tagg: 2017-kilderedigering |
||
| (9 mellomliggende versjoner av 7 brukere er ikke vist) | |||
| Linje 1: | Linje 1: | ||
[[Fil:Water molecule dimensions.svg|thumb|200px|Geometri |
[[Fil:Water molecule dimensions.svg|thumb|200px|Geometri til et vannmolekyl med verdier for O-H bindingens lengde, og for H-O-H bindingsvinkelen mellom de to bindingene.]] |
||
'''Molekylgeometri''' er den tredimensjonale ordningen av de [[atom]]er som utgjør en [[molekyl]]. Den |
'''Molekylgeometri''' er den tredimensjonale ordningen av de [[atom]]er som utgjør en [[molekyl]]. Den inkluderer den generelle formen til molekylet samt bindingslengder, '''bindingsvinkler''', [[Dihedral vinkel|torsjonsvinkler]] og andre geometriske parametere som bestemmer posisjonen til hvert atom. |
||
Molekylær geometri påvirker flere av egenskapene til et stoff, inkludert dets reaktivitet, [[Polaritet (kjemi)|polaritet]], [[Faseovergang|fase]], [[farge]], [[magnetisme]] og biologisk aktivitet.<ref>{{Kilde bok|url=https://www.worldcat.org/oclc/24792842|tittel=Organic chemistry|etternavn=McMurry|fornavn=John|dato=1992|utgiver=Brooks/Cole Pub|isbn=0-534-16218-5|utgave=3rd ed|utgivelsessted=Pacific Grove, Calif.|oclc=24792842}}</ref><ref>{{Kilde bok|url=https://www.worldcat.org/oclc/39147745|tittel=Advanced inorganic chemistry.|dato=1999|isbn=0-471-19957-5|utgave=6th edition|utgivelsessted=New York|oclc=39147745}}</ref><ref>{{Kilde artikkel|tittel=Communication: When does a branched polymer become a particle?|publikasjon=The Journal of Chemical Physics|doi=10.1063/1.4931483|url=http://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.4931483|dato=2015-09-21|fornavn=Alexandros|etternavn=Chremos|etternavn2=Douglas|fornavn2=Jack F.|serie=11|språk=en|bind=143|sider=111104|issn=0021-9606|besøksdato=2022-06-20}}</ref> Vinklene mellom bindinger som et atom danner avhenger bare svakt av resten av molekylet, det vil si at de kan forstås som tilnærmet lokale og dermed overførbare egenskaper. |
|||
| ⚫ | |||
== Hvordan bestemme geometrien == |
|||
[[sv:Molekylär geometri]] |
|||
Den molekylære geometrien kan bestemmes ved forskjellige [[Spektroskopi|spektroskopiske]]- og [[Diffraksjon|diffraksjons]]-metoder. [[Infrarød spektroskopi|IR]]-, [[Rotasjonelspektroskopi|rotasjonel]]- og [[Raman spektroskopi|Raman-spektroskopi]] kan gi informasjon om molekylgeometrien fra detaljene i vibrasjons- og rotasjonsabsorbansen detektert av disse teknikkene. [[Røntgenkrystallografi]], [[nøytronspredning]] og [[elektrondiffraksjon]] kan gi molekylstruktur for [[Krystallstruktur|krystallinske]] faste stoffer basert på avstanden mellom kjerner og konsentrasjon av [[elektrontetthet]]. Gasselektrondiffraksjon kan brukes for små molekyler i [[Gass|gassfasen]]. [[Kjernemagnetisk resonans|NMR]]- og FRET-metoder kan brukes til å bestemme komplementær informasjon, inkludert relative avstander,<ref>{{Kilde www|url=http://dwb.unl.edu/Teacher/NSF/C08/C08Links/pps99.cryst.bbk.ac.uk/projects/gmocz/fret.htm|tittel=FRET description|besøksdato=2008-09-18|arkiv-url=https://web.archive.org/web/20080918072755/http://dwb.unl.edu/Teacher/NSF/C08/C08Links/pps99.cryst.bbk.ac.uk/projects/gmocz/fret.htm}}</ref><ref>{{Kilde artikkel|tittel=Recent advances in FRET: distance determination in protein–DNA complexes|publikasjon=Current Opinion in Structural Biology|doi=10.1016/S0959-440X(00)00190-1|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0959440X00001901|dato=April 2001|fornavn=Alexander|etternavn=Hillisch|etternavn2=Lorenz|fornavn2=Mike|etternavn3=Diekmann|fornavn3=Stephan|serie=2|språk=en|bind=11|sider=201–207|besøksdato=2022-06-20}}</ref><ref>{{Kilde www|url=http://www.fretimaging.org/mcnamaraintro.html|tittel=FRET imaging introduction|besøksdato=2008-10-14|arkiv-url=https://web.archive.org/web/20081014211053/http://www.fretimaging.org/mcnamaraintro.html}}</ref> [[Dihedral vinkel|dihedrale vinkler]],<ref>{{Kilde www|url=http://www.jonathanpmiller.com/Karplus.html|tittel=obtaining dihedral angles from 3J coupling constants|arkiv-url=https://web.archive.org/web/20081207031318/http://www.jonathanpmiller.com/Karplus.html}}</ref><ref>{{Kilde www|url=http://www.spectroscopynow.com/FCKeditor/UserFiles/File/specNOW/HTML%20files/General_Karplus_Calculator.htm|tittel=Another Javascript-like NMR coupling constant to dihedral|besøksdato=2005-12-28|arkiv-url=https://web.archive.org/web/20051228092336/http://www.spectroscopynow.com/FCKeditor/UserFiles/File/specNOW/HTML%20files/General_Karplus_Calculator.htm}}</ref> vinkler og tilkobling. Molekylære geometrier bestemmes best ved lav temperatur fordi ved høyere temperaturer beregnes gjennomsnittet av molekylstrukturen over flere tilgjengelige geometrier. Større molekyler eksisterer ofte i flere stabile geometrier ([[konformasjonsisomerisme]]) som er nær energi på den potensielle energioverflaten. Geometrier kan også beregnes ved ab initio kvantekjemimetoder med høy nøyaktighet. Den molekylære geometrien kan være forskjellig som i et fast stoff, i løsning og som en gass. |
|||
Plasseringen til hvert atom bestemmes av naturen til de kjemiske bindingene som det er forbundet med naboatomene. Den molekylære geometrien kan beskrives ved posisjonene til disse atomene i rommet, og fremkaller bindingslengder av to sammenføyde atomer, bindingsvinkler til tre sammenkoblede atomer og torsjonsvinkler (dihedrale vinkler) av tre påfølgende bindinger. |
|||
== Referanser == |
|||
<references /> |
|||
{{Autoritetsdata}} |
|||
| ⚫ | |||
Siste sideversjon per 11. nov. 2022 kl. 00:58
Molekylgeometri er den tredimensjonale ordningen av de atomer som utgjør en molekyl. Den inkluderer den generelle formen til molekylet samt bindingslengder, bindingsvinkler, torsjonsvinkler og andre geometriske parametere som bestemmer posisjonen til hvert atom.
Molekylær geometri påvirker flere av egenskapene til et stoff, inkludert dets reaktivitet, polaritet, fase, farge, magnetisme og biologisk aktivitet.[1][2][3] Vinklene mellom bindinger som et atom danner avhenger bare svakt av resten av molekylet, det vil si at de kan forstås som tilnærmet lokale og dermed overførbare egenskaper.
Hvordan bestemme geometrien
[rediger | rediger kilde]Den molekylære geometrien kan bestemmes ved forskjellige spektroskopiske- og diffraksjons-metoder. IR-, rotasjonel- og Raman-spektroskopi kan gi informasjon om molekylgeometrien fra detaljene i vibrasjons- og rotasjonsabsorbansen detektert av disse teknikkene. Røntgenkrystallografi, nøytronspredning og elektrondiffraksjon kan gi molekylstruktur for krystallinske faste stoffer basert på avstanden mellom kjerner og konsentrasjon av elektrontetthet. Gasselektrondiffraksjon kan brukes for små molekyler i gassfasen. NMR- og FRET-metoder kan brukes til å bestemme komplementær informasjon, inkludert relative avstander,[4][5][6] dihedrale vinkler,[7][8] vinkler og tilkobling. Molekylære geometrier bestemmes best ved lav temperatur fordi ved høyere temperaturer beregnes gjennomsnittet av molekylstrukturen over flere tilgjengelige geometrier. Større molekyler eksisterer ofte i flere stabile geometrier (konformasjonsisomerisme) som er nær energi på den potensielle energioverflaten. Geometrier kan også beregnes ved ab initio kvantekjemimetoder med høy nøyaktighet. Den molekylære geometrien kan være forskjellig som i et fast stoff, i løsning og som en gass.
Plasseringen til hvert atom bestemmes av naturen til de kjemiske bindingene som det er forbundet med naboatomene. Den molekylære geometrien kan beskrives ved posisjonene til disse atomene i rommet, og fremkaller bindingslengder av to sammenføyde atomer, bindingsvinkler til tre sammenkoblede atomer og torsjonsvinkler (dihedrale vinkler) av tre påfølgende bindinger.
Referanser
[rediger | rediger kilde]- ^ McMurry, John (1992). Organic chemistry (3rd ed utg.). Pacific Grove, Calif.: Brooks/Cole Pub. ISBN 0-534-16218-5. OCLC 24792842.
- ^ Advanced inorganic chemistry. (6th edition utg.). New York. 1999. ISBN 0-471-19957-5. OCLC 39147745.
- ^ Chremos, Alexandros; Douglas, Jack F. (21. september 2015). «Communication: When does a branched polymer become a particle?». The Journal of Chemical Physics. 11 (engelsk). 143: 111104. ISSN 0021-9606. doi:10.1063/1.4931483. Besøkt 20. juni 2022.
- ^ «FRET description». Arkivert fra originalen . Besøkt 18. september 2008.
- ^ Hillisch, Alexander; Lorenz, Mike; Diekmann, Stephan (April 2001). «Recent advances in FRET: distance determination in protein–DNA complexes». Current Opinion in Structural Biology. 2 (engelsk). 11: 201–207. doi:10.1016/S0959-440X(00)00190-1. Besøkt 20. juni 2022.
- ^ «FRET imaging introduction». Arkivert fra originalen . Besøkt 14. oktober 2008.
- ^ «obtaining dihedral angles from 3J coupling constants». Arkivert fra originalen .
- ^ «Another Javascript-like NMR coupling constant to dihedral». Arkivert fra originalen . Besøkt 28. desember 2005.