Während des [[Deutsch-Sowjetischer Krieg|Vernichtungskrieges gegen die Sowjetunion]] wurde Perel von der [[Wehrmacht]] gefangen genommen. Er konnte sich als [[Volksdeutsche]]r ausgeben und seine jüdische Herkunft verschleiern. Er fungierte in der Folge als deutsch-russischer [[Übersetzer]] für die Wehrmacht, von Juli 1941 bis ca. Dezember 1941 in der Aufklärungs-Abteilung 2 der [[12. Panzer-Division (Wehrmacht)|12. Panzerdivision]] und anschließend in der Heeresverpflegungsstelle 722 in [[Tallinn|Reval]].<ref>Sally Perel: ''Ich war Hitlerjunge Salomon.'' Heyne, München 2016, ISBN 9783453534834, S. 64.</ref> Er nannte sich Josef Perjell;<ref>[https://collections.ushmm.org/iiif-b/assets/760431 Photo des Stammblatts], abgerufen am 8. Juli 2019</ref> sein Spitzname war Jupp.
Seine wirkliche Identität wurde von einem Kameraden an der Front aufgedecktentdeckt, der als Homosexueller Interesse an Sally Perel hatte. Als er erkannte, dass Perel Jude war, versicherte er ihm, ihn nicht zu verraten, und eine Freundschaft entwickelte sich. Nachdem er zwei Jahre bei der Wehrmacht war, wurde er zurück ins Deutsche Reich geholt. Hauptmann von Münchow wollte ihn adoptieren und sorgte dafür, dass Sally Perel bis kurz vor Kriegsende auf die [[Akademie für Jugendführung|Akademie für Jugendführung der Hitlerjugend]] in [[Braunschweig]] ging. Aufgrund der ständigen Präsenz des Nationalsozialismus an der Schule der [[Hitlerjugend]] (HJ) begann er nach eigenen Angaben, sich mit dieser Politik zu identifizieren. Später beschrieb er die [[Diktatur]] als Gift, das jeden Tag in die jungen Gehirne geträufelt worden sei. An der HJ-Schule identifizierte ihn ein Lehrer der [[Rassenkunde]] als Angehörigen der „baltisch/arischen Rasse“, nicht als Juden. Perel musste ständig seine [[Brit Mila|Beschneidung]] verbergen und stets einen kühlen Kopf bewahren, um schnell auf unübliche Anfragen reagieren zu können und eine Entdeckung zu vermeiden. Ab 1943 absolvierte er eine Ausbildung zum Werkzeugmacher bei [[Volkswagen]] in Braunschweig. Am Ende des [[Zweiter Weltkrieg|Krieges]] wurde er nochmals Soldat im [[Volkssturm]]. Er wurde von der US-amerikanischen Armee gefangen genommen und kurze Zeit später entlassen.<ref name="VW 2020">[https://www.volkswagen-newsroom.com/de/pressemitteilungen/sally-perel-hitlerjunge-salomon-feiert-95-geburtstag-5966 ''Sally Perel – „Hitlerjunge Salomon“ feiert 95. Geburtstag''], volkswagen-newsroom.com, 7. April 2020</ref>